Tras unos meses, el resultado de la infección a gran escala se revela con la gestación generalizada de bebés que manifiestan las malformaciones típicas de los diclonius. Kakuzawa envía nuevas fuerzas en busca de Lucy para completar su plan de reproducirse con ella y fundar una dinastía gobernante en un mundo futuro sin humanos. Bando, que se había ocultado con Kurama en las playas de Kamakura tras perder éste el juicio a causa de la muerte de Mariko, rechaza una primera avanzadilla en la que Nana y Mayu son atacadas.[26] No obstante, encuentra a Nyu y le dispara, resurgiendo la personalidad de Lucy y enfrentándose a él. En el fragor de la batalla, Mayu aparece y trata de detenerlos, mas la joven, impasible ante sus ruegos, le ataca; Bando salva a la niña al interponerse entre ellas pero su cuerpo resulta partido en dos a la altura de su cintura, dándosele por muerto. Aún así, también hiere a Lucy, recuperando el control del cuerpo de la diclonius la personalidad de Nyu
Poco tiempo después, una nueva oleada de esbirros de Kakuzawa encuentra a los habitantes de la posada y Kōta recibe un disparo al tratar de detenerlos. Al verle herido, Lucy reaparece y masacra a la mayor parte de los intrusos. Al presenciarlo, Kōta recuerda su pasado y cómo la diclonius mató a su padre y a su hermana pequeña.[28] Lucy persigue al resto de extraños, aunque finalmente es reducida y llevada de vuelta a la isla de los laboratorios de investigación. Una vez allí, Kakuzawa le presenta a su hija Anna, convertida en un ser monstruoso y omnisciente mediante el aumento de su capacidad craneal en cientos de veces, y a su propio medio hermano, engendrado por Kakuzawa al violar a la madre de Lucy. Ésta, enfurecida, destruye los cimientos de la isla, despedaza a Anna y decapita a los dos varones Kakuzawa. Mientras tanto, Arakawa consigue hallar la vacuna contra el virus diclonius y escapar del lugar en destrucción
Lucy vuelve a Kamakura y encuentra a Kōta, que le pide ir hasta el faro de Enoshima donde trata de convencerla para que deje de matar; no obstante, Kurama aparece y dispara a la diclonius hiriendo de gravedad al muchacho, quien interpone su cuerpo para salvarla. Forzando su poder, la joven evita que Kōta muera al detener la hemorragia sacrificando su propio cuerpo, que empieza a fundirse. El resto de habitantes de la posada se reúne con ellos pero son atacados por las fuerzas armadas de Japón. Ante la proximidad de su muerte, Lucy y Nyu son inhibidas por Kaede, la personalidad original de la niña diclonius, quien enloquecida se dispone a destruir el mundo antes de morir. Sin embargo, a petición de la propia Kaede tras ser consciente de sus actos, Kōta acaba con la vida de la diclonius